「菅氏をトップとする新政権の誕生に、宮内庁内部には懸念の声が広がっています」（宮内庁関係者）
9月16日に召集される臨時国会で首相指名選挙が行われ、菅義偉官房長官（71）が新首相に指名された。
共同通信社が9月8～9日に実施した世論調査では、「次期首相にふさわしい人」は菅氏との回答が50.2％。7年9カ月ぶりの首相交代で、新元号を発表した「令和おじさん」として知名度のある菅氏が新首相になるとあって、国民の期待感も高まっているように見えるのだが――。
「安倍政権で影の総理とも言われていた菅氏の政治手法は強権的・威圧的と評され、実は皇室のあり方についても宮内庁とも対立を繰り返してきたのです」（前出・宮内庁関係者）
’16年8月に上皇陛下が退位のお気持ちを表明されたビデオメッセージも、対立の結果だった。
当時の宮内庁長官・風岡典之氏が、上皇陛下に退位の「ご意向」があると官邸に伝えたのは’15年の春だった。その後、陛下のご意向は1年以上もの間、官邸に“黙殺”されたのだ。しかし’16年7月、NHKのスクープ報道によって一気に表面化する。
「宮内庁側が世論を形成するためにリークしたと判断した菅官房長官は、ビデオメッセージ実現に尽力した風岡宮内庁長官を許さなかったのです。風岡氏は、定年のめどとされる70歳の誕生日を迎えた9月になるとすぐに退任させられました。通常より半年早く事実上の更迭で、露骨な報復人事との見方も根強いです」（前出・宮内庁関係者）
また、外国人観光客の呼び込みのために皇居が活用されたこともあった。’14年、宮内庁が上皇陛下の傘寿の記念に1回限りのイベントとして、桜の名所である「皇居・乾通り」を一般に開放した。
すると40万人近くが押し寄せる大盛況。そこに目を付けた菅官房長官は、外国人観光客を呼び込む目玉として毎年開放できないかと、宮内庁に打診した。
「宮内庁は上皇陛下のご意見もお聞きしたうえで『難しい』と伝えたのですが、菅さんは毎年の乾通り開放を強引に実現させました。総裁選出馬会見では外国人観光客を大幅に増やしたことを自らの功績として強調していましたが、あるベテランの宮内庁職員はこの施策について『天皇の住まいである皇居が丸裸状態にされた』と嘆いていました」（皇室担当記者）
