新型コロナウイルス感染症拡大の影響で、災害時の避難所での感染対策については、全ての市町村が対応策を立てている。検温やマスク、消毒液の設置のほか、仕切り用のパーテーション、テントの活用などを挙げている。
県は2020年8月、台風時などでの避難所開設の際の事前準備として感染予防に必要な物資の備蓄や住民が避難する際、マスクや消毒液の持参を呼び掛けること、衛生管理担当の配置や巡回を検討することを求めた。
密な環境やコロナ感染疑いのある避難者との接触を避けるため「体調不良者をゾーニングで区画仕切り」(うるま市)、「健常者、高齢者、体調不良者との部屋分け」(石垣市)などの取り組みもある。
また、区画仕切りで収容人数が制限されるため「ホテルや旅館などの活用検討」(那覇市)を挙げる所もあった。
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